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Dopo circa quindici anni di chiusura, l'Amministrazione Penitenziaria nel 1991 diede inizio a un nuovo riordino, con l'intento di rivedere il percorso allestitivo.
Il Museo è stato riaperto nel febbraio 1994; nel suo assetto attuale, si caratterizza come un museo storico.

Le finalità tipiche dei musei, consistono, nello specifico, nella diffusione della conoscenza dell'evoluzione degli antichi sistemi punitivi, dei filoni di ricerca della scienza penitenziaria e criminologica nel XIX secolo e nella prima metà del Novecento.

Nel nuovo allestimento è stato proposto un percorso cronologico descrittivo delle tappe fondamentali della storia della giustizia, del carcere e della criminologia.

Il Museo Criminologico ospita l'Archivio fotografico e l'Archivio storico delle carceri italiane.